Así como hay criterios de diseño para mejorar la eficacia de las ventilaciones en invernaderos, también existen factores que la reducen, por ejemplo, el establecer invernaderos muy anchos respecto a su altura y superficie de ventilación, caso muy común en invernaderos pareados, también llamados multicapilla. Por ejemplo, en la imagen se muestran 3 alternativas de invernaderos, todos con la misma superficie de 100 metros cuadrados, pero con distinta relación de ancho/largo, dónde se ilustra la disminución del flujo de aire para el caso C, y por el contrario, el caso A muestra un flujo de aire mayor.
El uso de mallas antiáfidos en las ventilaciones, como barrera física ante la entrada de insectos al invernadero, también puede reducir considerablemente la renovación de aire resultante. Lamentablemente, las mallas empleadas normalmente en invernaderos pueden disminuir la tasa de ventilación aproximadamente entre un 40% a 80% dependiendo del tipo, aunque esta disminución puede ser más alta si la velocidad del viento es muy baja.
Las ventilaciones cenitales fijas, o sea, aquellas que no pueden cerrarse por las noches o en períodos fríos, provocan la inversión térmica, fenómeno donde el ambiente en el interior del invernadero presenta una temperatura inferior a la del ambiente exterior. A diferencia de los dos factores anteriores, esto ocurre por falta de hermeticidad de los invernaderos, y es un problema muy común en invernaderos tradicionales de madera, dejando los cultivos muy vulnerables a bajas temperaturas o heladas.